Après avoir dirigé la mise sur pied des laboratoires, Jean Yves Savoie devient directeur scientifique de l’IRSST en 1985. Directeur général à partir de 1990, il guide l’Institut pendant une décennie où les besoins de recherche se complexifient. À ce poste, il met l’accent sur le renforcement des liens entre la recherche et le monde du travail. Il développe cette culture du partenariat, qui est l’un des fondements de l’Institut, en y insufflant une ferveur toute particulière.