Toute l’action de l’IRSST est orientée en fonction des principes suivants :

• Les activités de l’Institut doivent être d’un haut niveau scientifique et répondre à des règles d’éthique rigoureuses.
• Les activités scientifiques de l’Institut doivent être originales. Dans cette optique, l’Institut évite la duplication de recherches menées ailleurs et dont il peut transférer ou adapter les résultats au contexte québécois.
• L’Institut favorise l’interdisciplinarité au sein des équipes de recherche comme moyen de mieux appréhender la nature souvent complexe et multifactorielle des problématiques de santé et de sécurité du travail (SST).
• L’Institut favorise la complémentarité de ses propres ressources scientifiques avec celles des universités et des autres centres de recherche.
• Les activités de l’Institut doivent s’arrimer étroitement aux besoins exprimés par la CNESST, ses partenaires et les milieux de travail québécois en incluant des éléments de prospective.
• L’Institut privilégie la recherche de nature appliquée pouvant conduire à des améliorations concrètes de la SST sans toutefois exclure certaines recherches de nature plus fondamentale dont les résultats pourraient éventuellement offrir un potentiel de retombées dans les milieux de travail.
• Les projets réalisés en milieu de travail se déroulent selon une approche paritaire avec l’accord et la participation des employeurs et des travailleurs des entreprises concernées.
• L’Institut  favorise la participation active des partenaires des milieux de travail tout au long du processus d’élaboration, de réalisation de la recherche et d’exploitation des résultats afin d’en maximiser l’utilité et les retombées pour les milieux de travail québécois.